داستان این رمان حول محور پیلار، دختری جوان و مستقل می‌گردد که از زندگی روزمره و یکنواخت خود خسته شده است. او به دنبال معنای عمیق‌تری در زندگی است و در این مسیر، نامه‌ای از دوست دوران کودکی و معشوق سابقش دریافت می‌کند. این دوست که حالا به یک مربی معنوی جذاب تبدیل شده و زندگی خود را وقف مذهب و عشق الهی کرده، پیلار را به سخنرانی‌ای در مادرید دعوت می‌کند.
این دیدار پس از سال‌ها، زندگی پیلار را دگرگون می‌کند. آن‌ها با هم به سفری به اطراف کوهستان پیرنه می‌روند و در طول این سفر، به بحث و گفتگو درباره مفاهیم عمیق زندگی، معنای عشق (چه زمینی و چه الهی)، بخشش، چگونگی زندگی و شهامت برای ریسک کردن می‌پردازند. پیلار در این سفر با چالش‌های درونی خود روبرو می‌شود و یاد می‌گیرد که چگونه احساساتش را بروز دهد و با بخش فراموش شده‌ای از وجودش ارتباط برقرار کند. این رمان روایتگر تحول شخصی پیلار و کشف دوباره ایمان و عشق در اوست.
- عشق و ایمان: محور اصلی داستان، تقابل و پیوند عشق زمینی و عشق الهی است. کوئلیو تلاش می‌کند نشان دهد که چگونه این دو می‌توانند مکمل یکدیگر باشند و انسان را به سمت کمال سوق دهند.
- کشف خود و تحول شخصی: پیلار، شخصیت اصلی، نمادی از جستجوی انسان برای یافتن حقیقت وجودی و معنای زندگی است. سفر او، سفری درونی برای شناخت خود و پذیرش تغییرات است.
- معجزات زندگی: کوئلیو بر این باور است که زندگی سرشار از معجزات کوچک و بزرگی است که اغلب نادیده گرفته می‌شوند. او در این کتاب به اهمیت توجه به این معجزات و ایمان به قدرت‌های درونی اشاره می‌کند.
- پذیرش و تسلیم: داستان به اهمیت تسلیم شدن در برابر عشق و اراده الهی می‌پردازد و اینکه چگونه رهایی از ترس‌ها می‌تواند راهگشای رسیدن به خوشبختی باشد.
“کنار رودخانه پیدرا نشستم و گریه کردم” به عنوان آخرین کتاب از سه‌گانه کوئلیو شناخته می‌شود که پس از رمان‌های “ورونیکا تصمیم می‌گیرد بمیرد” و “شیطان و دوشیزه پریم” منتشر شده است. در هر سه کتاب این سه‌گانه، اتفاقات داستان در عرض هفت روز رخ می‌دهند و بر محوریت مفاهیمی چون مرگ، قدرت و عشق می‌چرخند.
